El Tribunal Supremo reabre el debate sobre el alcance vinculante de los informes motivados en las deducciones por I+D+i: ¿puede la AEAT cuestionar los gastos de un proyecto validado por el Ministerio?
El Auto del Tribunal Supremo de 30 de septiembre de 2026 (Rec. Cas. 8061/2025) admite a trámite un recurso de casación que podría tener importantes consecuencias para las empresas que aplican deducciones fiscales por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica (I+D+i), especialmente cuando estas se desarrollan a través de Agrupaciones de Interés Económico (AIEs).
La Sala Tercera del Tribunal Supremo ha acordado, mediante Auto de 30 de septiembre de 2026 (ATS 8629/2026, ECLI:ES:TS:2026:8629A), examinar una cuestión de especial trascendencia en materia de incentivos fiscales a la I+D+i: si el carácter vinculante de los informes motivados emitidos por el Ministerio competente se extiende únicamente a la calificación de las actividades como investigación y desarrollo o si también alcanza a los gastos e inversiones que integran la base de la deducción fiscal.
La cuestión adquiere particular relevancia en el contexto de las actuaciones inspectoras que vienen desarrollándose sobre proyectos de I+D+i, en las que la Administración tributaria, aun sin cuestionar necesariamente la naturaleza investigadora de las actividades realizadas, regulariza los incentivos fiscales aplicados al considerar que determinados gastos no pueden integrar la base de la deducción.
Aunque el Tribunal Supremo todavía no ha resuelto el fondo de la controversia, la admisión del recurso abre la puerta a un pronunciamiento que podría resultar determinante para numerosos procedimientos de comprobación y litigios tributarios actualmente en curso.
- El origen de la controversia: una regularización tributaria sobre los gastos de una AIE dedicada a la I+D
El asunto tiene su origen en las actuaciones inspectoras desarrolladas respecto de una AIE dedicada a la I+D, que había ejecutado un proyecto para el que contaba con informes motivados vinculantes (IMVs) emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación.
En concreto, la AIE había obtenido un informe motivado de tipo C, emitido con carácter previo a la ejecución del proyecto, y otro de tipo A, emitido posteriormente.
Sin embargo, la Administración tributaria consideró que, de los 4.044.481,81 euros facturados a la AIE por la entidad encargada del desarrollo del proyecto (SPONSOR o Centro de I+D+i), únicamente 1.011.120,66 euros constituían gastos susceptibles de ser considerados a efectos de la deducción por I+D.
Respecto del importe restante, la Administración tributaria apreció la existencia de simulación, al entender que no había quedado suficientemente acreditada la efectiva prestación de los servicios facturados.
Como consecuencia de esta regularización, la AEAT minoró tanto las bases imponibles negativas (BINs) como las bases de deducción por I+D generadas por la AIE, trasladando posteriormente los efectos de dicha minoración a sus socios, en aplicación del régimen fiscal especial previsto para estas entidades.
Uno de los socios afectados impugnó la liquidación practicada por la AEAT, defendiendo, entre otras cuestiones, el carácter vinculante de los informes motivados emitidos por el Ministerio respecto de los gastos asociados al proyecto.
No obstante, el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León desestimó su recurso al considerar que, bajo la vigente Ley del Impuesto sobre Sociedades, el carácter vinculante de dichos informes se circunscribe a la calificación de las actividades, sin extenderse a la determinación de los gastos fiscalmente deducibles.
Precisamente esta interpretación es la que ahora será examinada por el Tribunal Supremo.
- La cuestión de interés casacional: ¿hasta dónde alcanza la vinculación de los informes motivados?
El Auto analizado de fecha 30 de septiembre de 2026 identifica como cuestión de interés casacional objetivo determinar si los informes motivados de los tipos A y C, regulados en los artículos 2 y 9 del Real Decreto 1432/2003, vinculan a la Administración tributaria no solo respecto de la calificación de las actividades como I+D, sino también respecto de la determinación del importe de los gastos e inversiones que integran la base de la deducción prevista en el artículo 35 de la Ley 27/2014, del Impuesto sobre Sociedades (LIS).
La controversia se sitúa, por tanto, en la delimitación de las competencias de dos órganos administrativos que intervienen en la aplicación de estos incentivos fiscales: el Ministerio competente en materia de ciencia, al que corresponde la evaluación científico-técnica de los proyectos, y la Administración tributaria, encargada de comprobar la correcta aplicación de las deducciones.
La cuestión no es menor: se trata de determinar qué aspectos de un proyecto de I+D+i quedan amparados por la eficacia vinculante del informe emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación y cuáles pueden ser objeto de una comprobación posterior por parte de la AEAT.
- La clave del debate: el cambio normativo introducido por la LIS
Para comprender la relevancia de este recurso de casación resulta necesario atender a la evolución normativa del artículo 35.4 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades.
Bajo la vigencia del anterior Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, aprobado por el Real Decreto Legislativo 4/2004, los informes motivados emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación tenían carácter vinculante para la Administración tributaria, sin que el precepto incorporase una limitación expresa de sus efectos a la calificación de las actividades.
Sin embargo, la Ley 27/2014 (LIS) introdujo una modificación relevante en el artículo 35.4.c), relativo a los informes aportados en el contexto de los acuerdos previos de valoración, al establecer que su carácter vinculante operaría “exclusivamente en relación con la calificación de las actividades”.
Esta modificación constituye el principal fundamento de la interpretación mantenida por el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León, que considera que el legislador quiso restringir el alcance de la vinculación de los informes del Ministerio. Ahora bien, el debate jurídico presenta una complejidad adicional que merece especial atención.
El artículo 35.4.a) de la vigente LIS, relativo a los informes motivados aportados para aplicar directamente la deducción, continúa estableciendo que dichos informes tendrán carácter vinculante para la Administración tributaria, sin incorporar expresamente la limitación prevista en la letra c) del mismo apartado.
Por su parte, el artículo 9 del Real Decreto 1432/2003 contempla expresamente las facultades de la Administración tributaria para comprobar la realidad de los gastos, su efectiva realización y su directa afectación al proyecto.
En consecuencia, el Tribunal Supremo deberá interpretar conjuntamente estas disposiciones y delimitar el alcance de la vinculación de los informes motivados bajo el marco normativo actualmente vigente.
- Un precedente especialmente relevante: la jurisprudencia del Tribunal Supremo de 2024
La admisión de este recurso cobra todavía mayor interés si se tiene en cuenta que el Tribunal Supremo ya se pronunció durante el año 2024 sobre el alcance vinculante de los informes motivados en materia de deducciones por innovación tecnológica.
Entre otras, las Sentencias de 8 y 9 de octubre y de 4 de noviembre de 2024 establecieron, en relación con el anterior Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, que los informes motivados vinculaban a la Administración tributaria en todos sus aspectos.
Es decir, no solo respecto de la calificación de los proyectos como actividades de I+D+i, sino también respecto de las inversiones y gastos que, habiendo sido presentados ante el órgano competente, hubieran recibido una evaluación positiva.
Esta jurisprudencia partía de una premisa fundamental: la Administración tributaria no puede desconocer, mediante sus propias valoraciones internas, las conclusiones de un órgano administrativo especializado cuando la ley atribuye expresamente carácter vinculante a sus informes.
El Tribunal Supremo también cuestionó que los informes emitidos por órganos internos de la AEAT pudieran utilizarse para desvirtuar las conclusiones técnicas del Ministerio de Ciencia e Innovación, especialmente cuando aquellos carecían de las garantías de independencia, especialización y contradicción exigibles.
Sin embargo, existe una diferencia fundamental entre aquellos pronunciamientos y el recurso ahora admitido.
Las sentencias de 2024 interpretaron el artículo 35.4 del anterior Texto Refundido, mientras que el nuevo recurso exige interpretar la redacción introducida por la Ley 27/2014 (LIS).
Por tanto, la cuestión que ahora deberá resolver el Tribunal Supremo es si aquella doctrina puede proyectarse sobre el régimen actualmente vigente y, en su caso, con qué alcance.
- ¿Qué implicaciones puede tener este pronunciamiento para las inspecciones tributarias sobre proyectos de I+D+i?
A nuestro juicio, la relevancia de este Auto trasciende la concreta controversia sobre el alcance de los IMVs. En la práctica inspectora, una parte importante de las regularizaciones sobre proyectos de I+D+i no se fundamenta en negar que las actividades desarrolladas tengan naturaleza investigadora, sino en cuestionar la cuantificación de los gastos asociados a su ejecución.
Estas controversias adquieren especial complejidad cuando los proyectos se articulan a través de AIEs, dado que las regularizaciones practicadas a estas entidades pueden proyectar sus efectos sobre los incentivos fiscales imputados a sus socios/inversores.
Desde esta perspectiva, la futura sentencia podría tener consecuencias relevantes en tres ámbitos:
a) Sobre los límites de las facultades de comprobación de la AEAT
Será necesario determinar hasta qué punto la Inspección puede revisar los gastos asociados a proyectos que ya han sido objeto de una evaluación favorable por parte del Ministerio de Ciencia e Innovación.
No se trata de negar las facultades de comprobación de la Administración tributaria, sino de delimitar su ejercicio cuando existe un pronunciamiento previo al que el ordenamiento jurídico atribuye carácter vinculante.
b) Sobre la distinción entre la valoración técnica de los gastos y la acreditación de su realidad
Este aspecto resulta particularmente importante. Una cosa es cuestionar la idoneidad científico-técnica de determinados gastos para su imputación a una actividad de I+D previamente reconocida y otra distinta comprobar que tales gastos se han realizado efectivamente, que están debidamente documentados y que guardan relación directa con el proyecto.
De hecho, el artículo 9 del Real Decreto 1432/2003 reconoce expresamente facultades de comprobación a la Administración tributaria sobre estos últimos extremos.
Por ello, la futura sentencia deberá precisar cómo se articula la eficacia vinculante del informe motivado con las potestades inspectoras relativas a la realidad y justificación de los gastos.
c) Sobre las regularizaciones basadas en la existencia de simulación
El supuesto que ha dado lugar al recurso presenta una particularidad relevante: la Inspección no se limitó a discrepar de la valoración económica del proyecto, sino que consideró simulada una parte de los gastos facturados a la AIE por parte del SPONSOR o Centro de I+D+i.
En este contexto, resultará especialmente interesante conocer si el Tribunal Supremo establece alguna distinción entre la revisión de los gastos evaluados favorablemente por el Ministerio y la comprobación de operaciones cuya realidad económica es cuestionada por la Administración tributaria.
En todo caso, conviene recordar que la existencia de un IMV no implica necesariamente que cualquier gasto facturado al proyecto deba aceptarse automáticamente como integrante de la base de la deducción.
Del mismo modo, la facultad de comprobar la realidad de los gastos tampoco debería confundirse con una habilitación ilimitada para sustituir las valoraciones técnicas efectuadas por el órgano administrativo competente.
Precisamente en la delimitación de ambas cuestiones reside, a nuestro juicio, uno de los aspectos más relevantes del recurso admitido.
- Conclusión: una sentencia que puede marcar el futuro de las controversias tributarias sobre I+D+i
El Auto cuyo análisis ahora nos ocupa constituye un pronunciamiento procesal de especial interés para las empresas que desarrollan proyectos de I+D+i y para aquellas que participan en estructuras de inversión destinadas a financiar estas actividades.
Aunque todavía no existe un pronunciamiento sobre el fondo, la Sala reconoce expresamente la necesidad de esclarecer el alcance de los IMVs bajo la actual LIS, una cuestión sobre la que no existe jurisprudencia específica del Tribunal Supremo.
La futura sentencia deberá encontrar el equilibrio entre dos exigencias igualmente relevantes: garantizar la eficacia jurídica de los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innvación y preservar las facultades de la Administración tributaria para comprobar la correcta aplicación de los incentivos fiscales.
Lo que está en juego no es únicamente la interpretación de un precepto legal, sino también el grado de seguridad jurídica que ofrece nuestro sistema de incentivos fiscales a las empresas que invierten en I+D+i.
Hasta que se dicte sentencia, consideramos especialmente importante analizar el alcance de los informes motivados existentes en cada expediente, la naturaleza de los gastos cuestionados por la Inspección y los concretos fundamentos de las regularizaciones practicadas.
En particular, en aquellos procedimientos en los que la Administración haya minorado la base de la deducción correspondiente a proyectos previamente evaluados por el Ministerio, la cuestión casacional admitida podría constituir un elemento relevante para articular la defensa de los contribuyentes.
Desde Rosillo Tax & Legal seguiremos con especial atención la resolución de este recurso, dada su potencial incidencia sobre los procedimientos de comprobación y litigios tributarios relacionados con la aplicación de los incentivos fiscales a la I+D+i, una materia en la que nuestro despacho cuenta con una amplia experiencia y en la que actualmente tenemos diversos asuntos en curso.