La Sala Tercera del Tribunal Supremo ha acordado, mediante Auto de 30 de septiembre de 2026 (ATS 8629/2026, ECLI:ES:TS:2026:8629A), examinar una cuestión de especial trascendencia en materia de incentivos fiscales a la I+D+i: si el carácter vinculante de los informes motivados emitidos por el Ministerio competente se extiende únicamente a la calificación de las actividades como investigación y desarrollo o si también alcanza a los gastos e inversiones que integran la base de la deducción fiscal.

La cuestión adquiere particular relevancia en el contexto de las actuaciones inspectoras que vienen desarrollándose sobre proyectos de I+D+i, en las que la Administración tributaria, aun sin cuestionar necesariamente la naturaleza investigadora de las actividades realizadas, regulariza los incentivos fiscales aplicados al considerar que determinados gastos no pueden integrar la base de la deducción.

Aunque el Tribunal Supremo todavía no ha resuelto el fondo de la controversia, la admisión del recurso abre la puerta a un pronunciamiento que podría resultar determinante para numerosos procedimientos de comprobación y litigios tributarios actualmente en curso.

1. El origen de la controversia: una regularización tributaria sobre los gastos de una AIE dedicada a la I+D

El asunto tiene su origen en las actuaciones inspectoras desarrolladas respecto de una AIE dedicada a la I+D, que había ejecutado un proyecto para el que contaba con informes motivados vinculantes (IMVs) emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

En concreto, la AIE había obtenido un informe motivado de tipo C, emitido con carácter previo a la ejecución del proyecto, y otro de tipo A, emitido posteriormente.

Sin embargo, la Administración tributaria consideró que, de los 4.044.481,81 euros facturados a la AIE por la entidad encargada del desarrollo del proyecto (SPONSOR o Centro de I+D+i), únicamente 1.011.120,66 euros constituían gastos susceptibles de ser considerados a efectos de la deducción por I+D.

Respecto del importe restante, la Administración tributaria apreció la existencia de simulación, al entender que no había quedado suficientemente acreditada la efectiva prestación de los servicios facturados.

Como consecuencia de esta regularización, la AEAT minoró tanto las bases imponibles negativas (BINs) como las bases de deducción por I+D generadas por la AIE, trasladando posteriormente los efectos de dicha minoración a sus socios, en aplicación del régimen fiscal especial previsto para estas entidades.

Uno de los socios afectados impugnó la liquidación practicada por la AEAT, defendiendo, entre otras cuestiones, el carácter vinculante de los informes motivados emitidos por el Ministerio respecto de los gastos asociados al proyecto.

No obstante, el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León desestimó su recurso al considerar que, bajo la vigente Ley del Impuesto sobre Sociedades, el carácter vinculante de dichos informes se circunscribe a la calificación de las actividades, sin extenderse a la determinación de los gastos fiscalmente deducibles.

Precisamente esta interpretación es la que ahora será examinada por el Tribunal Supremo.

2. La cuestión de interés casacional: ¿hasta dónde alcanza la vinculación de los informes motivados?

El Auto analizado de fecha 30 de septiembre de 2026 identifica como cuestión de interés casacional objetivo determinar si los informes motivados de los tipos A y C, regulados en los artículos 2 y 9 del Real Decreto 1432/2003, vinculan a la Administración tributaria no solo respecto de la calificación de las actividades como I+D, sino también respecto de la determinación del importe de los gastos e inversiones que integran la base de la deducción prevista en el artículo 35 de la Ley 27/2014, del Impuesto sobre Sociedades (LIS).

La controversia se sitúa, por tanto, en la delimitación de las competencias de dos órganos administrativos que intervienen en la aplicación de estos incentivos fiscales: el Ministerio competente en materia de ciencia, al que corresponde la evaluación científico-técnica de los proyectos, y la Administración tributaria, encargada de comprobar la correcta aplicación de las deducciones.

La cuestión no es menor: se trata de determinar qué aspectos de un proyecto de I+D+i quedan amparados por la eficacia vinculante del informe emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación y cuáles pueden ser objeto de una comprobación posterior por parte de la AEAT.

3. La clave del debate: el cambio normativo introducido por la LIS

Para comprender la relevancia de este recurso de casación resulta necesario atender a la evolución normativa del artículo 35.4 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades.

Bajo la vigencia del anterior Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, aprobado por el Real Decreto Legislativo 4/2004, los informes motivados emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación tenían carácter vinculante para la Administración tributaria, sin que el precepto incorporase una limitación expresa de sus efectos a la calificación de las actividades.

Sin embargo, la Ley 27/2014 (LIS) introdujo una modificación relevante en el artículo 35.4.c), relativo a los informes aportados en el contexto de los acuerdos previos de valoración, al establecer que su carácter vinculante operaría “exclusivamente en relación con la calificación de las actividades”.

Esta modificación constituye el principal fundamento de la interpretación mantenida por el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León, que considera que el legislador quiso restringir el alcance de la vinculación de los informes del Ministerio. Ahora bien, el debate jurídico presenta una complejidad adicional que merece especial atención.

El artículo 35.4.a) de la vigente LIS, relativo a los informes motivados aportados para aplicar directamente la deducción, continúa estableciendo que dichos informes tendrán carácter vinculante para la Administración tributaria, sin incorporar expresamente la limitación prevista en la letra c) del mismo apartado.

Por su parte, el artículo 9 del Real Decreto 1432/2003 contempla expresamente las facultades de la Administración tributaria para comprobar la realidad de los gastos, su efectiva realización y su directa afectación al proyecto.

En consecuencia, el Tribunal Supremo deberá interpretar conjuntamente estas disposiciones y delimitar el alcance de la vinculación de los informes motivados bajo el marco normativo actualmente vigente.

4. Un precedente especialmente relevante: la jurisprudencia del Tribunal Supremo de 2024

La admisión de este recurso cobra todavía mayor interés si se tiene en cuenta que el Tribunal Supremo ya se pronunció durante el año 2024 sobre el alcance vinculante de los informes motivados en materia de deducciones por innovación tecnológica.
Entre otras, las Sentencias de 8 y 9 de octubre y de 4 de noviembre de 2024 establecieron, en relación con el anterior Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades, que los informes motivados vinculaban a la Administración tributaria en todos sus aspectos.

Es decir, no solo respecto de la calificación de los proyectos como actividades de I+D+i, sino también respecto de las inversiones y gastos que, habiendo sido presentados ante el órgano competente, hubieran recibido una evaluación positiva.

Esta jurisprudencia partía de una premisa fundamental: la Administración tributaria no puede desconocer, mediante sus propias valoraciones internas, las conclusiones de un órgano administrativo especializado cuando la ley atribuye expresamente carácter vinculante a sus informes.

El Tribunal Supremo también cuestionó que los informes emitidos por órganos internos de la AEAT pudieran utilizarse para desvirtuar las conclusiones técnicas del Ministerio de Ciencia e Innovación, especialmente cuando aquellos carecían de las garantías de independencia, especialización y contradicción exigibles.

Sin embargo, existe una diferencia fundamental entre aquellos pronunciamientos y el recurso ahora admitido.

Las sentencias de 2024 interpretaron el artículo 35.4 del anterior Texto Refundido, mientras que el nuevo recurso exige interpretar la redacción introducida por la Ley 27/2014 (LIS).

Por tanto, la cuestión que ahora deberá resolver el Tribunal Supremo es si aquella doctrina puede proyectarse sobre el régimen actualmente vigente y, en su caso, con qué alcance.

5. ¿Qué implicaciones puede tener este pronunciamiento para las inspecciones tributarias sobre proyectos de I+D+i?

A nuestro juicio, la relevancia de este Auto trasciende la concreta controversia sobre el alcance de los IMVs. En la práctica inspectora, una parte importante de las regularizaciones sobre proyectos de I+D+i no se fundamenta en negar que las actividades desarrolladas tengan naturaleza investigadora, sino en cuestionar la cuantificación de los gastos asociados a su ejecución.

Estas controversias adquieren especial complejidad cuando los proyectos se articulan a través de AIEs, dado que las regularizaciones practicadas a estas entidades pueden proyectar sus efectos sobre los incentivos fiscales imputados a sus socios/inversores.

Desde esta perspectiva, la futura sentencia podría tener consecuencias relevantes en tres ámbitos:

a) Sobre los límites de las facultades de comprobación de la AEAT

Será necesario determinar hasta qué punto la Inspección puede revisar los gastos asociados a proyectos que ya han sido objeto de una evaluación favorable por parte del Ministerio de Ciencia e Innovación.

No se trata de negar las facultades de comprobación de la Administración tributaria, sino de delimitar su ejercicio cuando existe un pronunciamiento previo al que el ordenamiento jurídico atribuye carácter vinculante.

b) Sobre la distinción entre la valoración técnica de los gastos y la acreditación de su realidad

Este aspecto resulta particularmente importante. Una cosa es cuestionar la idoneidad científico-técnica de determinados gastos para su imputación a una actividad de I+D previamente reconocida y otra distinta comprobar que tales gastos se han realizado efectivamente, que están debidamente documentados y que guardan relación directa con el proyecto.

De hecho, el artículo 9 del Real Decreto 1432/2003 reconoce expresamente facultades de comprobación a la Administración tributaria sobre estos últimos extremos.

Por ello, la futura sentencia deberá precisar cómo se articula la eficacia vinculante del informe motivado con las potestades inspectoras relativas a la realidad y justificación de los gastos.

c) Sobre las regularizaciones basadas en la existencia de simulación

El supuesto que ha dado lugar al recurso presenta una particularidad relevante: la Inspección no se limitó a discrepar de la valoración económica del proyecto, sino que consideró simulada una parte de los gastos facturados a la AIE por parte del SPONSOR o Centro de I+D+i.

En este contexto, resultará especialmente interesante conocer si el Tribunal Supremo establece alguna distinción entre la revisión de los gastos evaluados favorablemente por el Ministerio y la comprobación de operaciones cuya realidad económica es cuestionada por la Administración tributaria.

En todo caso, conviene recordar que la existencia de un IMV no implica necesariamente que cualquier gasto facturado al proyecto deba aceptarse automáticamente como integrante de la base de la deducción.

Del mismo modo, la facultad de comprobar la realidad de los gastos tampoco debería confundirse con una habilitación ilimitada para sustituir las valoraciones técnicas efectuadas por el órgano administrativo competente.

Precisamente en la delimitación de ambas cuestiones reside, a nuestro juicio, uno de los aspectos más relevantes del recurso admitido.

6. Conclusión: una sentencia que puede marcar el futuro de las controversias tributarias sobre I+D+i
El Auto cuyo análisis ahora nos ocupa constituye un pronunciamiento procesal de especial interés para las empresas que desarrollan proyectos de I+D+i y para aquellas que participan en estructuras de inversión destinadas a financiar estas actividades.

Aunque todavía no existe un pronunciamiento sobre el fondo, la Sala reconoce expresamente la necesidad de esclarecer el alcance de los IMVs bajo la actual LIS, una cuestión sobre la que no existe jurisprudencia específica del Tribunal Supremo.

La futura sentencia deberá encontrar el equilibrio entre dos exigencias igualmente relevantes: garantizar la eficacia jurídica de los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innvación y preservar las facultades de la Administración tributaria para comprobar la correcta aplicación de los incentivos fiscales.

Lo que está en juego no es únicamente la interpretación de un precepto legal, sino también el grado de seguridad jurídica que ofrece nuestro sistema de incentivos fiscales a las empresas que invierten en I+D+i.

Hasta que se dicte sentencia, consideramos especialmente importante analizar el alcance de los informes motivados existentes en cada expediente, la naturaleza de los gastos cuestionados por la Inspección y los concretos fundamentos de las regularizaciones practicadas.

En particular, en aquellos procedimientos en los que la Administración haya minorado la base de la deducción correspondiente a proyectos previamente evaluados por el Ministerio, la cuestión casacional admitida podría constituir un elemento relevante para articular la defensa de los contribuyentes.

Desde Rosillo Tax & Legal seguiremos con especial atención la resolución de este recurso, dada su potencial incidencia sobre los procedimientos de comprobación y litigios tributarios relacionados con la aplicación de los incentivos fiscales a la I+D+i, una materia en la que nuestro despacho cuenta con una amplia experiencia y en la que actualmente tenemos diversos asuntos en curso.

El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC), en su Resolución de 22 de septiembre de 2026 (R.G. 51115/2026), dictada en unificación de criterio, acaba de realizar una precisión de especial relevancia en materia sancionadora: la existencia de una conducta dolosa y de anomalías sustanciales en la contabilidad no permite, por sí sola, calificar una infracción tributaria como muy grave por utilización de medios fraudulentos.
Para alcanzar esa calificación, la Administración debe dar un paso adicional: acreditar y motivar específicamente el ánimo fraudulento que convierte la irregularidad contable en un verdadero “medio fraudulento” empleado para cometer la infracción.
La distinción no es meramente conceptual. Puede determinar que una sanción pase de un porcentaje del 50 al 100 % de la base de la sanción, propio de las infracciones graves del artículo 191 LGT, a un porcentaje del 100 al 150 %, correspondiente a las muy graves.
El origen de la controversia
El asunto analizado por el TEAC partía de un procedimiento inspector relativo al IVA de los ejercicios 2019 a 2021.
La Inspección había apreciado, entre otras circunstancias, la deducción de cuotas correspondientes a operaciones que consideraba inexistentes y la existencia de determinadas irregularidades contables. En el posterior procedimiento sancionador calificó las infracciones del artículo 191 LGT como muy graves por utilización de medios fraudulentos.
¿El argumento?
La llevanza incorrecta de la contabilidad tenía una incidencia superior al 50 % de la base de la sanción y, por tanto, concurría –a juicio de la Inspección– el supuesto contemplado en el artículo 184.3.a).3.º LGT.
El TEAR de Cataluña confirmó tanto la concurrencia del elemento objetivo de la infracción como su elemento subjetivo. Es más, respecto de parte de la conducta llegó expresamente a apreciar dolo.
Sin embargo, anuló la calificación derivada de la utilización de medios fraudulentos porque consideró que esta circunstancia no había sido suficientemente motivada.
Y aquí se encuentra precisamente la cuestión que llegó al TEAC: si ya se ha acreditado una conducta dolosa y concurren objetivamente las anomalías contables previstas en el artículo 184.3.a).3.º LGT, ¿es necesario motivar algo más?
La respuesta del TEAC es afirmativa.
Una cosa es el dolo de la infracción y otra el ánimo fraudulento del medio empleado
El artículo 184.3.a).3.º LGT considera anomalía sustancial la llevanza incorrecta de los libros de contabilidad o registros mediante falsedad de asientos, registros o importes, omisión de operaciones o contabilización en cuentas incorrectas que alteren su consideración fiscal, siempre que su incidencia represente más del 50 % de la base de la sanción.
Pero para el TEAC superar ese umbral cuantitativo es necesario, aunque no suficiente, para apreciar la utilización de medios fraudulentos.
El TEAC rechaza expresamente que pueda identificarse automáticamente el elemento subjetivo de la propia infracción –incluso cuando exista dolo– con el elemento subjetivo adicional que justifica la utilización de medios fraudulentos.
La Administración debe motivar separadamente: (i) la culpabilidad correspondiente a la infracción cometida y (ii) la existencia del medio fraudulento que determina su calificación como muy grave.
De lo contrario, advierte el TEAC, se correría el riesgo de convertir prácticamente cualquier irregularidad contable que superase el umbral legal en una infracción muy grave de forma automática.
Por ello, la Resolución exige que la Administración Tributaria explique por qué la concreta anomalía contable fue buscada con el propósito de eludir el pago de impuestos, con conocimiento de su falsedad o ilegalidad, y de qué manera su utilización incidió en el incumplimiento de las obligaciones tributarias.
Es, por tanto, una exigencia cualitativamente distinta de la simple acreditación del dolo.
Una doctrina con casi dos décadas de recorrido
Aunque la Resolución de 22 de septiembre de 2026 fija ahora expresamente el criterio bajo el artículo 184.3.a).3.º LGT, su razonamiento tiene importantes antecedentes.
El propio TEAC se remonta a las Sentencias del Tribunal Supremo de 10 de febrero y 17 de septiembre de 2003, que ya rechazaban que la mera existencia de anomalías sustanciales en la contabilidad pudiera operar automáticamente como circunstancia agravatoria.
El Tribunal Supremo exigía que las anomalías hubieran sido especialmente buscadas con el propósito de eludir el pago de los impuestos, con conocimiento de su falsedad, ilegalidad o carácter engañoso.
Esta doctrina fue posteriormente reiterada por la Sentencia del Tribunal Supremo de 10 de septiembre de 2009 (Rec. Núm. 3529/2003), que insistió en la necesidad de justificar el nexo entre la anomalía contable y la comisión de la concreta infracción, rechazando la aplicación automática de la agravación.
También el propio TEAC había seguido esta línea.
En su Resolución de 30 de abril de 2009 (R.G. 2473/2007), igualmente dictada en unificación de criterio, rechazó que el incumplimiento sustancial de obligaciones contables que justificase la aplicación del régimen de estimación indirecta determinara automáticamente la existencia de medios fraudulentos.
Y, posteriormente, en la Resolución de 5 de septiembre de 2013 (R.G. 2754/2011), afirmó de forma especialmente gráfica que no basta con una contabilización errónea: debe apreciarse la existencia de un “ardid expresamente buscado por la sociedad para defraudar a la Hacienda Pública”.
A esta línea se incorpora ahora un pronunciamiento particularmente reciente: la Sentencia del Tribunal Supremo de 4 de junio de 2026 (Rec. Núm. 1590/2024).
Aunque referida al supuesto de utilización de personas o entidades interpuestas del artículo 184.3.c) LGT, el Tribunal Supremo vuelve a rechazar cualquier automatismo en la calificación de la infracción como muy grave y exige a la Administración analizar las circunstancias concretas y acreditar la finalidad fraudulenta requerida por la norma.
La Resolución del TEAC de 22 de septiembre de 2026 proyecta esa misma lógica sobre las anomalías sustanciales en la contabilidad del artículo 184.3.a).3.º LGT.
¿Qué deberíamos comprobar en un acuerdo sancionador?
Desde una perspectiva práctica, la Resolución comentada proporciona un argumento especialmente relevante para revisar los acuerdos sancionadores que califican una infracción como muy grave por utilización de medios fraudulentos.
No debería considerarse suficiente, a estos efectos, una motivación que se limite a seguir el siguiente esquema: “la llevanza incorrecta de los libros de contabilidad o registros, mediante falsedades, omisiones o errores contables que alteren la consideración fiscal de las operaciones, tiene una incidencia superior al 50% de la base de la sanción”, para, a partir de esa sola constatación, concluir automáticamente que concurre la utilización de medios fraudulentos y, en consecuencia, calificar la infracción como muy grave.
Precisamente ese automatismo es el que rechaza el TEAC.
Cuando un Acuerdo sancionador invoque la utilización de medios fraudulentos, las alegaciones deberían exigir que la Administración Tributaria individualice y motive el plus de antijuridicidad que justifica la calificación como muy grave.
En particular, habrá que comprobar si el acuerdo explica: (i) cuál es exactamente la anomalía contable utilizada como medio para cometer la infracción, (ii) por qué no constituye simplemente una irregularidad contable, aunque sea consciente o dolosa, (iii) qué elementos permiten concluir que fue específicamente buscada como mecanismo para eludir la tributación, (iv) qué acredita que el obligado conocía su falsedad, ilegalidad o significación engañosa y (v) cuál es el nexo concreto entre ese mecanismo y la comisión de la infracción tributaria.
La mera utilización en el Acuerdo sancionador de expresiones como “medios fraudulentos”, “conducta deliberada”, “falsedad” o “dolo” no sustituye esa motivación.
Y tampoco debería admitirse que la motivación se reconstruya posteriormente en vía económico-administrativa: tratándose del ejercicio de la potestad sancionadora, la justificación de la circunstancia que determina la calificación de la infracción debe encontrarse en el propio Acuerdo sancionador.
La diferencia económica puede ser muy relevante
Pensemos en un supuesto sencillo.
Una sociedad es objeto de regularización y la base de la sanción del artículo 191 LGT asciende a 200.000 euros.
Supongamos, a efectos exclusivamente ilustrativos, que concurren los requisitos para considerar la infracción grave, pero la Inspección entiende además que determinadas anomalías contables constituyen medios fraudulentos y, por ello, la recalifica como muy grave.
Prescindamos también, para simplificar el ejemplo, de los incrementos derivados de los criterios de graduación del artículo 187 LGT.
• Si la infracción es grave, el porcentaje mínimo de sanción es del 50 %:
200.000€ × 50% = 100.000€ de sanción
• Si la Administración Tributaria aprecia medios fraudulentos y la califica como muy grave, el porcentaje mínimo pasa al 100 %:
200.000€ × 100% = 200.000€ de sanción
La diferencia es de 100.000 euros. Y en ambos casos partimos exactamente de la misma cuota dejada de ingresar.
La diferencia económica no deriva de una mayor base de sanción, sino exclusivamente de la calificación jurídica de la conducta. De ahí la importancia de que la Administración Tributaria motive rigurosamente la circunstancia que permite dar el salto desde la infracción grave hasta la muy grave. El artículo 191 LGT establece, efectivamente, sanciones del 50 al 100 % para las infracciones graves y del 100 al 150 % para las muy graves.
Una conclusión especialmente relevante para la defensa en procedimientos sancionadores
La doctrina fijada por el TEAC puede resumirse en una idea sencilla: dolo y medios fraudulentos no son conceptos intercambiables.
Puede existir una conducta dolosa y, sin embargo, no estar suficientemente acreditada la utilización de medios fraudulentos necesaria para calificar la infracción como muy grave.
La Administración Tributaria debe acreditar primero la culpabilidad que permite sancionar y, después, si pretende aplicar la calificación más severa, motivar específicamente por qué el instrumento utilizado incorpora ese ánimo fraudulento adicional que justifica el mayor reproche sancionador.
Así lo expresa finalmente el criterio fijado por el TEAC: la aplicación del artículo 184.3.a).3.º LGT exige justificar no solo la existencia de las concretas incorrecciones contables previstas por la norma y la superación del correspondiente umbral cuantitativo, sino también “un ánimo fraudulento específico”.
Una precisión importante porque, en Derecho sancionador tributario, la gravedad de la consecuencia exige también una especial intensidad en la motivación de la causa que la justifica.

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