El Tribunal Supremo confirma que los saldos de IVA pueden comprobarse pese a proceder de períodos prescritos
La prescripción del derecho a liquidar un ejercicio no impide necesariamente que la Administración Tributaria pueda comprobar hechos, operaciones o créditos fiscales originados en él cuando continúan produciendo efectos en ejercicios posteriores no prescritos. El Tribunal Supremo confirma ahora que esta posibilidad alcanza también a los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos, que el Tribunal considera comprendidos en el régimen específico de comprobación previsto en el artículo 66 bis LGT y, por tanto, sujetos al plazo de diez años establecido en dicho precepto.
El Tribunal Supremo, en su Sentencia de 23 de julio de 2026 (Rec. Cas. núm. 5852/2023), ha precisado el alcance de las facultades de comprobación de la Administración Tributaria respecto de los saldos de IVA pendientes de compensación procedentes de períodos en los que ya ha prescrito el derecho a practicar liquidación, concluyendo que dichos saldos constituyen auténticos “créditos fiscales” a efectos del artículo 66 bis LGT y que, por tanto, pueden ser comprobados cuando se proyecten sobre períodos posteriores no prescritos.
La Sentencia resulta especialmente relevante porque, además de reiterar que el plazo general de prescripción de cuatro años no supone, en todos los casos, que los hechos u operaciones realizados en un período prescrito queden definitivamente fuera del alcance de una posterior comprobación administrativa, aclara específicamente que los saldos de IVA quedan comprendidos en el régimen del artículo 66 bis LGT, pese a que la normativa del impuesto se refiera técnicamente a “saldos” y no a “cuotas” pendientes de compensación. El Tribunal atiende, a estos efectos, a su naturaleza material como créditos fiscales.
El caso analizado por el Tribunal Supremo
Como hemos adelantado, la controversia se plantea en el ámbito del IVA y tiene su origen en la comprobación por la Inspección de determinados saldos pendientes de compensación procedentes de períodos respecto de los cuales había prescrito el derecho de la Administración a liquidar, pero que habían sido arrastrados y continuaban produciendo efectos en períodos posteriores no prescritos.
La cuestión de interés casacional consistía, precisamente, en determinar si, tras la reforma de la LGT operada por la Ley 34/2015, la Administración puede comprobar saldos de IVA generados en períodos prescritos cuando dicha comprobación resulta necesaria para regularizar períodos posteriores respecto de los cuales todavía conserva su derecho a liquidar.
El contribuyente defendía que la prescripción debía impedir a la Administración volver a examinar la procedencia y cuantía de esos saldos. A su juicio, la Inspección únicamente podía verificar su correcta aplicación o arrastre en los períodos posteriores, pero no revisar nuevamente las operaciones que habían determinado su generación en los períodos ya prescritos.
No obstante, el Tribunal Supremo rechaza esta interpretación.
Prescripción del derecho a liquidar y facultad de comprobar: dos realidades distintas
El razonamiento de la Sentencia parte de una distinción esencial: la prescripción del derecho de la Administración a liquidar un ejercicio no equivale a la prescripción de todas sus facultades de comprobación respecto de los hechos producidos en él.
Esta diferenciación quedó expresamente reforzada por la reforma de la LGT introducida mediante la Ley 34/2015.
Por un lado, el artículo 115 LGT permite a la Administración comprobar e investigar hechos, actos, elementos, actividades, negocios y demás circunstancias correspondientes a ejercicios prescritos cuando dicha comprobación resulte necesaria en relación con obligaciones tributarias de ejercicios no prescritos. El propio precepto contempla expresamente que la comprobación pueda extenderse a hechos u operaciones realizados en ejercicios prescritos cuando hayan de surtir efectos fiscales en ejercicios posteriores todavía abiertos a regularización.
Por otro lado, el artículo 66 bis LGT establece un régimen específico para determinados créditos fiscales y fija en diez años el plazo de que dispone la Administración para iniciar la comprobación de bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y de deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, contado desde el día siguiente a aquel en que finalice el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación correspondiente al ejercicio en que se generó ese derecho.
Sobre esta base, el Alto Tribunal subraya que la reforma de 2015 quiso separar conceptualmente ambas potestades: una cosa es que la Administración ya no pueda liquidar un determinado ejercicio por haber transcurrido el plazo de prescripción y otra distinta que no pueda examinar hechos ocurridos en él cuando siguen teniendo relevancia para determinar correctamente la tributación de un ejercicio posterior no prescrito.
Un ejercicio prescrito no queda necesariamente “blindado” frente a futuras comprobaciones
Este es probablemente el aspecto de mayor trascendencia práctica de la sentencia.
El Tribunal Supremo rechaza que el transcurso del plazo de prescripción convierta automáticamente en intangible cualquier elemento fiscal generado en el ejercicio prescrito.
La prescripción impide a la Administración practicar una nueva liquidación respecto de ese período, pero no impide necesariamente comprobar los hechos u operaciones producidos en él cuando continúan desplegando efectos fiscales en un período posterior todavía abierto a regularización.
En palabras del Tribunal: “La interpretación sostenida por la recurrente conduciría, además, a una consecuencia difícilmente conciliable con la finalidad de la reforma: bastaría el transcurso del plazo de prescripción del período de origen para transformar en intangible cualquier crédito fiscal posteriormente proyectado sobre ejercicios no prescritos. Sin embargo, precisamente para evitar ese resultado y asegurar la correcta determinación de las obligaciones tributarias futuras, el legislador introdujo el régimen especial del artículo 66 bis LGT”.
La consecuencia es relevante. La Administración puede remontarse varios ejercicios atrás para comprobar el origen, realidad o cuantía de un elemento que está influyendo en la tributación actual del contribuyente, aunque ya no pueda regularizar directamente el ejercicio en el que se produjo.
Los saldos de IVA pendientes de compensación también constituyen “créditos fiscales”
La Sentencia resuelve, además, una cuestión específica relativa al IVA. El contribuyente alegaba que el artículo 66 bis LGT se refiere a “bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación”, mientras que en el IVA lo que se traslada entre períodos es técnicamente un saldo derivado del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.
El Tribunal Supremo descarta una interpretación puramente literal del precepto. A su juicio, lo relevante no es la denominación concreta que reciba el elemento en cada impuesto, sino su naturaleza y funcionalidad como crédito fiscal. Un saldo de IVA pendiente de compensación constituye un derecho generado en un determinado período que el contribuyente pretende utilizar posteriormente y cuya aplicación incide directamente en la deuda tributaria del período en el que se compensa.
Por ello, estos saldos quedan comprendidos dentro del régimen de comprobación del artículo 66 bis LGT.
El Tribunal Supremo fija finalmente como doctrina jurisprudencial que la Administración puede comprobar los saldos pendientes de compensación o excesos de cuotas soportadas deducibles sobre las devengadas generados en períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, cuando esos saldos se apliquen en períodos posteriores no prescritos y su regularización exija verificar su realidad y cuantía, todo ello dentro de los límites y condiciones establecidos en el artículo 66 bis LGT.
¿Qué consecuencias prácticas tiene esta Sentencia?
La principal conclusión de esta Sentencia es que los saldos de IVA pendientes de compensación no quedan definitivamente consolidados por el mero hecho de que haya prescrito el derecho de la Administración a liquidar el período en el que se generaron. Cuando dichos saldos se arrastran y aplican en períodos posteriores no prescritos, la Administración puede comprobar su realidad y cuantía, al constituir créditos fiscales comprendidos en el ámbito del artículo 66 bis LGT.
Por tanto, no debe confundirse el plazo general de cuatro años para liquidar con el alcance temporal de las facultades de comprobación de la Administración. La prescripción impide regularizar el período de origen, pero no necesariamente comprobar un saldo de IVA generado en él cuando continúa produciendo efectos fiscales en períodos posteriores todavía susceptibles de regularización.
En particular, el artículo 66 bis.2 LGT establece un plazo específico de diez años para iniciar la comprobación de las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y de las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, computado desde el día siguiente a aquel en que finalice el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación correspondiente al ejercicio o período en que se generó el derecho. La Sentencia confirma que los saldos de IVA pendientes de compensación quedan comprendidos en este régimen, pese a que la normativa del IVA se refiera técnicamente a “saldos” y no a “cuotas” pendientes de compensación.
Esta doctrina tiene, además, una importante consecuencia práctica en materia de conservación de documentación. El transcurso del plazo general de cuatro años no debería llevar automáticamente a considerar innecesaria la documentación que permita acreditar el origen, realidad y cuantía de los saldos de IVA pendientes de compensación que continúen proyectando efectos sobre períodos posteriores, pues dichos saldos pueden ser objeto de comprobación dentro del plazo de diez años previsto en el artículo 66 bis.2 LGT.
De hecho, el propio artículo 66 bis LGT contempla expresamente que esta limitación temporal de la facultad de comprobación no afecta a la obligación de aportar las liquidaciones o autoliquidaciones en las que se incluyeron las bases, cuotas o deducciones, así como la correspondiente contabilidad, con ocasión de procedimientos de comprobación de ejercicios no prescritos en los que se produzca su compensación o aplicación.
Conclusión
La Sentencia del Tribunal Supremo de 23 de julio de 2026 aquí analizada refuerza una idea que adquiere cada vez mayor importancia en los procedimientos tributarios: la prescripción del derecho a liquidar no supone necesariamente el cierre definitivo de un período a efectos de comprobación.
En particular, el Tribunal Supremo confirma ahora que los saldos de IVA pendientes de compensación tienen la consideración de créditos fiscales a efectos del artículo 66 bis LGT y pueden ser comprobados aun cuando procedan de períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, siempre que se proyecten sobre períodos posteriores no prescritos y resulte necesario verificar su realidad y cuantía para determinar correctamente la obligación tributaria correspondiente a estos últimos.
Para estos créditos fiscales, el artículo 66 bis.2 LGT establece un plazo específico de diez años para iniciar su comprobación, lo que pone de manifiesto que el transcurso del plazo general de cuatro años no determina necesariamente que los elementos fiscales generados en un período prescrito queden definitivamente fuera del alcance de la Administración.
Por ello, esta doctrina adquiere especial relevancia no solo desde la perspectiva de las facultades de comprobación de la Administración, sino también desde la de los contribuyentes, que deberán prestar particular atención a la conservación de la documentación necesaria para acreditar el origen, realidad y cuantía de los saldos de IVA pendientes de compensación, teniendo en cuenta el plazo específico de comprobación previsto en el artículo 66 bis.2 LGT.
Por último, no queremos dejar pasar la oportunidad para hacer una reflexión acerca de las facultades atribuidas a la Administración Tributaria en virtud de este artículo 66.bis.2 LGT, que le atribuyen la capacidad de modificar los créditos fiscales procedentes de ejercicios no prescritos, siempre que afecten a ejercicios no prescritos objeto de revisión, y su relación con los derechos y garantías de los contribuyentes.
En este sentido, cabría plantear que, de forma equivalente, se permitiera a los contribuyentes modificar créditos fiscales generados en ejercicios prescritos que pudieran resultar de aplicación en períodos no prescritos, siempre con el límite de diez años, el límite temporal propio de esos créditos fiscales y con las exigencias de carga de la prueba correspondientes, para mantener esa igualdad de trato con la Administración Tributaria. Somos conscientes de que esta no es la doctrina administrativa reciente (consulta de la Dirección General de Tributos V1511-22 y Resolución del TEAC de 17 de julio de 2025, R.G. 00/01267/2025), pero una interpretación en el sentido que apuntamos resultaría lógica y justa, más en un sistema tributario en el que se ha cargado sobre los hombros de los contribuyentes la aplicación de los principales tributos (autoliquidación).